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基于變性梯度凝膠電泳和MiSeq高通量測序技術(shù)分析恩施地區(qū)臘肉的細菌多樣性
來源:食品科學(xué)網(wǎng) 閱讀量: 262 發(fā)表時間: 2019-09-26
作者: 董 蘊,王玉榮,王 堯,廖 華,趙慧君,郭 壯
關(guān)鍵詞: 臘肉|細菌|變性梯度凝膠電泳|MiSeq高通量測序
摘要:

以采集自湖北省恩施地區(qū)的5 個臘肉樣品為研究對象,采用聚合酶鏈式反應(yīng)-變性梯度凝膠電泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)與MiSeq高通量測序技術(shù)相結(jié)合的方法對其中所含微生物的多樣性進行解析。PCR-DGGE結(jié)果表明,臘肉樣品中的細菌主要為葡萄球菌屬(Staphylococcus)、嗜冷桿菌屬(Psychrobacter)、乳酸桿菌屬(Lactobacillus)和假交替單胞菌屬(Pseudoalteromonas);MiSeq高通量測序結(jié)果表明,臘肉中的細菌門主要為硬壁菌門(Firmicutes)和變形菌門(Proteobacteria),其平均相對含量分別為54.05%和44.28%,細菌屬主要為葡萄球菌屬(Staphylococcus)、嗜冷桿菌屬(Psychrobacter)、假交替單胞菌屬(Pseudoalteromonas)、環(huán)絲菌屬(Brochothrix)、科貝特氏菌屬(Cobetia)和不動細菌屬(Acinetobacter),其平均相對含量分別為40.18%、24.02%、9.37%、8.53%、4.71%和2.31%;在分類操作單元(operational taxonomic units,OTU)水平上,發(fā)現(xiàn)252 個核心OTU,累計平均相對含量高達74.22%。由此可見,PCR-DGGE和MiSeq高通量測序的結(jié)果綜合分析得出恩施地區(qū)臘肉中的細菌主要為葡萄球菌屬(Staphylococcus)、嗜冷桿菌屬(Psychrobacter)和假交替單胞菌屬(Pseudoalteromonas)。

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