
采用高通量轉(zhuǎn)錄組測序和實時定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(quantitative real time polymerase chain reaction,qRT-PCR)技術(shù),在分子水平揭示養(yǎng)殖密度對斑節(jié)對蝦肌肉品質(zhì)形成的影響機(jī)制。選取養(yǎng)殖密度100 尾/m2、300 尾/m2的斑節(jié)對蝦為實驗材料,進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序和qRT-PCR驗證。結(jié)果表明:所有樣本Q20和Q30的最小值均大于90%,測序數(shù)據(jù)均滿足生物信息學(xué)分析的要求;不同密度養(yǎng)殖條件下,斑節(jié)對蝦的差異表達(dá)基因為778 個;將差異基因序列與7個數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,得到不同密度養(yǎng)殖的斑節(jié)對蝦中與肌肉品質(zhì)相關(guān)的差異基因分布在膠原蛋白代謝、蛋白水解、蛋白轉(zhuǎn)運、細(xì)胞蛋白代謝、細(xì)胞骨架組織、肌肉連接及葡萄糖代謝途徑;qRT-PCR驗證結(jié)果與轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果一致。
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