領(lǐng)學(xué)術(shù)科研之先，創(chuàng)食品科技之新
—— 中國(guó)食品雜志社
通過計(jì)算機(jī)模擬技術(shù)，對(duì)紅曲橘霉素合成關(guān)鍵酶CitE的抑制劑進(jìn)行高通量篩選。首先，采用Alphafold 2對(duì)CitE蛋白進(jìn)行同源建模，并與相似序列比對(duì)以預(yù)測(cè)配體結(jié)合區(qū)域；隨后，在Arthor數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索天然配體和黃酮骨架類似物，構(gòu)建了一個(gè)包含20 000 個(gè)化合物的配體庫(kù)；之后，通過Maestro對(duì)CitE蛋白和小分子化合物庫(kù)進(jìn)行分子對(duì)接，篩選出潛在的CitE配體；并采用Gromacs動(dòng)力學(xué)模擬評(píng)估結(jié)合穩(wěn)定性，通過MM/PBSA計(jì)算結(jié)合自由能，之后對(duì)蛋白-配體的結(jié)合模式進(jìn)行分析，進(jìn)一步確定了槲皮素、木犀草素、芹菜素、染料木素、5,4’-二羥基黃酮、漆黃素6 個(gè)小分子配體具有較強(qiáng)的CitE結(jié)合性能。固態(tài)及液態(tài)發(fā)酵結(jié)果表明，上述化合物具有顯著的橘霉素抑制活性。其中，固態(tài)發(fā)酵（20 mg/28 g干物料）添加上述化合物分別使橘霉素產(chǎn)量降低42.52%、48.81%、32.54%、32.57%、21.02%和13.67%，液態(tài)發(fā)酵添加（0.1 g/L）上述化合物分別使橘霉素產(chǎn)量降低33.77%、15.58%、33.33%、62.34%、58.87%、50.22%。本研究對(duì)建立高效、安全的紅曲發(fā)酵體系具有借鑒意義。
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