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彎曲乳桿菌與清酒乳桿菌的比較基因組學(xué)分析
來源:導(dǎo)入 閱讀量: 229 發(fā)表時(shí)間: 2024-02-20
作者: 何苗,趙雨晴,李居行,葛佳琪,陳盼婷,應(yīng)欣,張連慧,王昌祿,李貞景,郭慶彬,劉歡歡
關(guān)鍵詞: 彎曲乳桿菌;清酒乳桿菌;基因組學(xué);泛基因組;碳水化合物活性酶;抗生素耐藥性
摘要:

本研究對(duì)19 株彎曲乳桿菌(Latilactobacillus curvatus)和40 株清酒乳桿菌(L. sakei)的基因組進(jìn)行了比較分析。平均核苷酸同一性及全基因組共線性分析表明,L. curvatus和L. sakei基因組間的核酸序列同源性較弱,可作為區(qū)分兩個(gè)物種的指標(biāo)。對(duì)兩個(gè)物種分別構(gòu)建泛基因組,并對(duì)泛基因組中的核心基因功能進(jìn)行注釋。結(jié)果顯示,L. curvatus和L. sakei各自的核心基因組主要涉及菌株的基礎(chǔ)代謝。對(duì)菌株個(gè)體基因組的比對(duì)分析發(fā)現(xiàn):1)L. curvatus與L. sakei均含有廣泛的糖苷水解酶類編碼基因,在分解和代謝膳食纖維類多糖、乳糖利用以及木質(zhì)纖維素中具有豐富的基因資源;2)3 個(gè)菌株含抗生素耐藥性基因,且來源于基因橫向轉(zhuǎn)移;3)L. sakei特有的精氨酸脫亞胺酶途徑、L. curvatus中的絲氨酸脫水酶途徑及鳥嘌呤脫氨酶途徑,以及個(gè)別菌株中谷氨酸脫羧酶的發(fā)掘,揭示了這兩類菌不同的抗酸機(jī)制;4)冷應(yīng)激蛋白編碼基因的發(fā)現(xiàn)也賦予了這兩類菌良好的冷加工特性。此外,部分L. sakei基因組中含有編碼lactocin S及凝結(jié)素相關(guān)的基因簇。總之,本研究通過對(duì)L. curvatus及L. sakei進(jìn)行基因組水平的比較和分析,提供了兩個(gè)物種之間的分類標(biāo)準(zhǔn)以及菌株個(gè)體上的差異信息,為這兩種乳酸菌的生理生化分子遺傳機(jī)制研究以及工業(yè)應(yīng)用奠定了基礎(chǔ)。

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