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基于氨基酸描述符對血管緊張素轉(zhuǎn)化酶抑制五肽定量構(gòu)效關(guān)系分析
來源:導(dǎo)入 閱讀量: 191 發(fā)表時間: 2024-08-04
作者: 郭星晨, 李玉豪, 馬金璞, 張鈺璇, 李華鑫, 楊具田, 樊佩如, 高丹丹
關(guān)鍵詞: 血管緊張素轉(zhuǎn)化酶;肽;偏最小二乘;定量構(gòu)效關(guān)系;氨基酸描述符
摘要:

本研究收集近些年報道的血管緊張素轉(zhuǎn)化酶(angiotensin converting enzyme,ACE)抑制五肽的氨基酸序列及抑制活性(半抑制濃度(half maximal inhibitory concentration,IC50)),建立ACE抑制五肽肽庫,并將其氨基酸殘基用Z-scales、VHSE和SVHEHS氨基酸描述符分別進(jìn)行表述,以氨基酸殘基的疏水性、立體性以及電性參數(shù)作為自變量,ACE抑制五肽的lg IC50作為因變量,利用Matlab軟件用偏最小二乘法建立ACE抑制肽定量構(gòu)效關(guān)系(quantitative structure-activity relationship,QSAR)模型,結(jié)果發(fā)現(xiàn)基于Z-scales描述符構(gòu)建的ACE抑制五肽QSAR模型R2為0.641 1,Q2為0.536 9,模型預(yù)測五肽Gln-Arg-Pro-Asn-Met具有較高的ACE抑制活性,預(yù)測IC50為0.051 7 μmol/L,實測IC50為(0.040 0±0.008 3)μmol/L,預(yù)測值與實測值誤差為0.011 7 μmol/L;基于VHSE描述符構(gòu)建的QSAR模型R2為0.763 6,Q2為0.508 1,模型預(yù)測五肽Leu-Arg-Ala-Phe-Gln具有較高的ACE抑制活性,預(yù)測IC50為0.043 8 μmol/L,實測值為(0.027 3±0.005 3)μmol/L,誤差為0.016 5 μmol/L;基于SVHEHS描述符構(gòu)建的QSAR模型R2為0.840 5,Q2為0.400 5 μmol/L,模型預(yù)測五肽Tyr-Phe-Pro-Phe-Gln具有較高的ACE抑制活性,預(yù)測值為0.005 5 μmol/L,實測值為(0.031 2±0.004 2)μmol/L,誤差為0.025 7 μmol/L。3 種建模方法對比發(fā)現(xiàn),基于SVHEHS描述符構(gòu)建的模型擬合能力最強,但是其預(yù)測能力較弱,而Z-scales和VHSE描述符所建模型能很好地對五肽進(jìn)行QSAR分析,通過模型分析發(fā)現(xiàn)ACE抑制肽活性與其氨基酸的疏水特征呈負(fù)相關(guān),與立體特征呈正相關(guān)。將3 種ACE抑制肽與ACE蛋白(2X8J)進(jìn)行分子對接,結(jié)果表明3 種ACE抑制肽均可與ACE蛋白進(jìn)行結(jié)合。本研究可為開發(fā)ACE抑制肽藥物提供新手段,為開發(fā)和利用食源性ACE抑制肽提供理論基礎(chǔ)。

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