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水產(chǎn)品熒光假單胞菌雙組分信號轉(zhuǎn)導(dǎo)系統(tǒng)的序列分析和功能預(yù)測
來源:食品科學(xué)網(wǎng) 閱讀量: 175 發(fā)表時間: 2021-12-07
作者: 李秋瑩,徐瑾秀,張婧陽,孫彤,勵建榮
關(guān)鍵詞: 水產(chǎn)品;熒光假單胞菌;雙組分信號轉(zhuǎn)導(dǎo)系統(tǒng);序列分析;功能預(yù)測
摘要:

為研究雙組分信號轉(zhuǎn)導(dǎo)系統(tǒng)(two-component signal transduction system,TCS)在水產(chǎn)品優(yōu)勢腐敗菌熒光假單胞菌生長繁殖和環(huán)境適應(yīng)過程中的作用,利用生物信息學(xué)方法對水產(chǎn)品熒光假單胞菌PF08的TCS進(jìn)行序列分析和功能預(yù)測。結(jié)果表明:熒光假單胞菌PF08中存在63 個組氨酸激酶、84 個應(yīng)答調(diào)節(jié)蛋白、39 個成對TCS、25 個融合組氨酸激酶;該菌株中所有的組氨酸激酶均具有HATPase_c和HisKA結(jié)構(gòu)域,所有應(yīng)答調(diào)節(jié)蛋白均具有REC結(jié)構(gòu)域;系統(tǒng)發(fā)生樹結(jié)果表明具有相同結(jié)構(gòu)域的TCS多聚于同一聚簇,其可能具有相近的功能;該菌株39 對TCS有25 對的生物學(xué)功能得到預(yù)測,其主要參與調(diào)控?zé)晒饧賳伟鶳F08的營養(yǎng)元素代謝、生物體內(nèi)物質(zhì)運(yùn)輸、細(xì)胞形態(tài)分化、應(yīng)對不利環(huán)境及細(xì)胞抗性和毒力等。該研究結(jié)果為進(jìn)一步闡明TCS在水產(chǎn)品熒光假單胞菌PF08菌株環(huán)境適應(yīng)過程中的功能提供一定參考。

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