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嗜熱鏈球菌中CRISPR序列的檢測與同源性分析
來源:食品科學網(wǎng) 閱讀量: 174 發(fā)表時間: 2017-06-07
作者: 鄧凱波,霍貴成
關(guān)鍵詞: 同源性
摘要:

CRISPR為近年發(fā)現(xiàn)的一種廣泛存在于原核生物中的獲得性免疫系統(tǒng)。為探明內(nèi)蒙古的8株嗜熱鏈球菌的CRISPR,用PCR方法擴增了其CRISPR序列,并采用生物信息學方法分析和預(yù)測了重復(fù)序列(Direct Repeat,DR)的同源性及二級結(jié)構(gòu)。結(jié)果表明,除S4只含有一個CRISPR結(jié)構(gòu)外,其余7株嗜熱鏈球菌均檢測出3條CRISPR序列,遠高于CRISPR database公布細菌中具有該結(jié)構(gòu)的比例(46.4%),且分別具特異性的重復(fù)序列(DR1-DR3);CRISPR最長達2853 bp,最短僅101 bp。對DR的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測發(fā)現(xiàn),DR1-DR3均能形成回文結(jié)構(gòu),但莖環(huán)大小會有差異;在同源性比對中發(fā)現(xiàn),除多數(shù)同屬或同種外,供試DR還與個別遠緣菌種具有高同源性,這種現(xiàn)象證明了供試菌株的CRISPR序列同樣存在的水平基因轉(zhuǎn)移,并可能存在其他的進化進程。

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