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嗜熱鏈球菌谷氨酸脫羧酶基因及其側(cè)翼區(qū)序列分析
來源:食品科學(xué)網(wǎng) 閱讀量: 120 發(fā)表時(shí)間: 2017-06-07
作者: 林謙,楊勝遠(yuǎn),陸兆新,呂鳳霞,別小妹,鄒曉葵
關(guān)鍵詞: 序列分析|嗜熱鏈球菌|谷氨酸脫羧酶|γ-氨基丁酸
摘要:

從嗜熱鏈球菌Streptococcus thermophilus Y-2的谷氨酸脫羧酶基因(gadB)及其兩側(cè)旁鄰序列出發(fā),在GenBank中分別用Blastn、Blastx 搜索同源序列。gadB 在核酸水平上無法找到同源序列,在蛋白質(zhì)水平上與多種細(xì)菌的谷氨酸脫羧酶同源。根據(jù)谷氨酸脫羧酶的氨基酸序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,菌株Y-2 與具核梭桿菌Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953 的親緣關(guān)系最近。gadB 的上游側(cè)翼區(qū)與嗜熱鏈球菌LMG 18311 的插入序列IS1216轉(zhuǎn)座酶基因具有很高的相似性。gadB 的下游側(cè)翼區(qū)在核酸水平上未找到同源序列,在蛋白質(zhì)水平上與谷氨酸/γ- 氨基丁酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白有很高的相似性。菌株Y-2 的gadB、gadC 排列方式與大腸桿菌、弗氏志賀菌的相同,而與乳酸乳球菌、短小乳桿菌的相反。在已完成全基因組測(cè)序的3 個(gè)模式株Streptococcus thermophilus LMG 18311、CNRZ1066、LMD-9 中均含有插入序列 IS1216,但未發(fā)現(xiàn)谷氨酸脫羧酶基因gadB、谷氨酸/γ- 氨基丁酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因gadC。

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