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副干酪乳桿菌乳酸脫氫酶的生物信息學(xué)分析
來源:食品科學(xué)網(wǎng) 閱讀量: 142 發(fā)表時(shí)間: 2017-06-07
作者: 趙婷,姚雯軼,王立梅
關(guān)鍵詞: 副干酪乳桿菌|乳酸脫氫酶|生物信息學(xué)
摘要:

目的:分析和預(yù)測副干酪乳桿菌(Lactobacillus paracasei)乳酸脫氫酶(lactate dehydrogenase,LDH)基因及其編碼蛋白的結(jié)構(gòu)和特性,以指導(dǎo)其生物學(xué)功能的實(shí)驗(yàn)研究。方法:利用美國國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)和瑞士生物信息學(xué)研究所的蛋白分析專家系統(tǒng)(ExPASY)中有關(guān)基因和蛋白的序列和結(jié)構(gòu)信息分析的各種工具,結(jié)合其他生物信息學(xué)分析軟件,如ClustalX、VMD,從數(shù)據(jù)庫中得到乳酸脫氫酶基因,分析、預(yù)測該基因編碼的蛋白理化性質(zhì)、翻譯后的修飾位點(diǎn)、拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)構(gòu)、三級(jí)結(jié)構(gòu)和功能域。并與其他微生物的乳酸脫氫酶蛋白序列進(jìn)行比對,得出它們的保守序列。結(jié)果:該基因編碼335個(gè)氨基酸,其蛋白理論分子質(zhì)量為36608.8u,預(yù)測該蛋白有3個(gè)跨膜區(qū)。與干酪乳桿菌的乳酸脫氫酶進(jìn)化關(guān)系最近。結(jié)論:應(yīng)用生物信息方法可預(yù)測得到副干酪乳桿菌的乳酸脫氫酶的結(jié)構(gòu)與功能方面的信息。

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