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一種新的氨基酸描述符SVHEHS在生物活性肽QSAR中的應(yīng)用研究
來源:食品科學(xué)網(wǎng) 閱讀量: 165 發(fā)表時(shí)間: 2017-06-07
作者: 彭劍秋,劉 靜,管 驍,*
關(guān)鍵詞: 氨基酸描述符|定量構(gòu)效關(guān)系|主成分分析|多元線性回歸
摘要:

對20種氨基酸的457種性質(zhì)參數(shù)按疏水性質(zhì)、電性特征、氫鍵貢獻(xiàn)和立體特征進(jìn)行分類后,并各自進(jìn)行主成分分析(PCA),得到一種新的氨基酸結(jié)構(gòu)描述符SVHEHS(score vector of hydrophilicity, electronic, hydrogen bond contribution and steric properties)。用該描述符分別對一系列血管緊張素轉(zhuǎn)化酶抑制二肽以及苦味二肽進(jìn)行序列表征,并用來與生物活性建立多元線性回歸模型。血管緊張素轉(zhuǎn)化酶抑制二肽、苦味二肽模型的相關(guān)系數(shù)、交叉驗(yàn)證相關(guān)系數(shù)、均方根誤差分別為0.936、0.854、0.259和0.949、0.886、0.136,同時(shí)還對所得模型進(jìn)行了外部驗(yàn)證。結(jié)果表明,該描述符建立的模型具有較好的擬合與預(yù)測能力,用于生物活性肽的定量構(gòu)效關(guān)系研究是理想的。

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