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應(yīng)用Illumina Miseq測序分析飲用水源水中病毒多樣性
來源:食品科學(xué)網(wǎng) 閱讀量: 214 發(fā)表時間: 2018-01-08
作者: 葛英亮,于水利,時文歆
關(guān)鍵詞: Illumina Miseq測序;飲用水源水;病毒;多樣性
摘要:

以東太湖水源水為研究對象,應(yīng)用梯度-串聯(lián)-循環(huán)-切向流超濾技術(shù)對水體中病毒進(jìn)行分離濃縮,使用非序列依賴性單引物擴(kuò)增技術(shù)擴(kuò)增源水中病毒基因組,采用Illumina Miseq進(jìn)行測序,與NCBI基因數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,質(zhì)控后獲得1?190?914?928?bp基因數(shù)據(jù),可組裝成5?554?條scaffolds序列,獲知病毒基因組功能,經(jīng)比對可注釋到尾噬菌體目(Caudovirales)、皰疹病毒目(Herpesvirales)、線狀病毒目(Ligamenvirales),在科的水平上,注釋到40?個科病毒的同源序列,其中含量較高的病毒科為Microviridae占27.590?1%,Siphoviridae占23.010?7%,Phycodnaviridae占5.322?2%,Retroviridae占1.691?2%,Mimiviridae占1.960?8%,其中無法注釋(norank)占21.572?8%,102?112?條reads在科水平上norank,研究可以高通量的獲得水源水中病毒多樣性信息,并為水體中病毒的檢測提供理論參考依據(jù)。

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